倒置顯微鏡是為了適應生物學、醫學等領域中的組織培養、細胞離體培養、浮游生物、環境保護、食品檢驗等顯微觀察。由于這些活體被檢物體均放置在培養皿(或培養瓶)中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，故稱為"倒置顯微鏡"。倒置顯微鏡多用于無色透明的活體觀察，在倒置顯微鏡的基礎上添加一套熒光附件:激光激發塊，熒光光源，熒光照明器，激發塊切換裝置，即可進行倒置熒光觀察。
倒置熒光顯微鏡的使用操作
1.明視野觀察的正確使用。倒置熒光顯微鏡的功能之一是明視野觀察，其基本原理是標本經光線照射后，各部分對光吸收的不同而在明亮的背景中實現成像，主要適用于經染色或本身具有顏色的細胞、組織切片等標本的觀察。
2.相差觀察的正確使用。倒置熒光顯微鏡的功能之二是相差觀察，其基本原理是將樣本不同部分的光程差轉變為振幅差，經過帶有相位片的相差物鏡和帶有環狀光闌的聚光鏡實現觀測，主要適用于活細胞或不染色的組織切片觀察,在實驗教學過程中，除了正確引導醫學研究生遵守相差觀察的基本操作方法，同時更為重要的是引導他們對使用相差觀察的標本認識和掌握。對他們來說，在日后的科學研究中，尤為常用的是培養細胞的顯微觀察。首先，對于細胞器材的選擇，一般建議使用玻璃材質和塑料材質的培養皿、培養板和培養瓶。它們多為無色透明，可直接在倒置熒光顯微鏡上進行觀察，不用倒掉細胞液和經過其他處理。其次，在進行顯微觀察中，不要隨意打開器材的蓋子，以免污染細胞。最后，對于操作人員來說，需佩戴手套、口罩和白大衣，不僅可以保護自身健康而且可以防止細胞污染。
3.熒光觀察的正確使用。倒置熒光顯微鏡的功能之三是熒光觀察，其基本原理是利用激發光激發樣本產生熒光，從而實現樣本的形狀與定位觀察，主要適用于熒光標記樣本的觀察。熒光觀察是倒置熒光顯微鏡的重要功能，其配件昂貴且使用特殊。要想醫學研究生正確地掌握熒光觀察的操作使用規范，教師除了教會他們掌握基本的操作方法，同時更為重要的是教會他們掌握它的特殊性。首先，在標本制作中，載玻片和蓋玻片應表面光潔且厚度適宜(載玻片在0.8mm~1.2mm之間，蓋玻片在0.17mm左右)；標本應厚度適宜，同時避免細胞重疊或雜質掩蓋；封裱劑應使用甘油和碳酸鹽緩沖液(0.5mol/L PH9.0～9.5)的等量混合液。其次，在熒光觀察前，應關閉房間內的電燈和倒置熒光顯微鏡的白光，確保處于暗室環境。最后，在熒光觀察中，應嚴格控制觀察時間，一般以1~2小時/次為宜，否則熒光會出現衰減和消失的現象；調整光源時應佩戴防護眼鏡，避免紫外線對眼鏡的傷害。
4.圖像拍攝的正確使用。在科學研究中，不僅要求倒置熒光顯微鏡可以實現多種觀察，而且要求倒置熒光顯微鏡可以實現圖像拍攝。倒置熒光顯微鏡系統通過光電轉換將光學顯微鏡與計算機結合在一起，不僅可以在目鏡上進行顯微觀察，而且可以在計算機上進行實時動態圖像的觀察、編輯和保存。
